Зоологический институт Российской академии наук (полное современное название: Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Зоологический институт Российской академии наук, краткое: ЗИН РАН) был основан в 1832 году как Зоологический музей Императорской академии наук. Он, в свою очередь, сформировался на базе зоологических коллекций Кунсткамеры — первого отечественного музея, основанного Петром I в 1714 году.
Датой отсчета его истории в настоящее время принято считать 4 (17) июля 1832 г., когда Ф.Ф. Брандт показал Академии первые залы музея в новом здании, известном под названием «Музейный флигель Академии наук».
В 1931 г., в ходе масштабной реформы Академии наук, Музей, располагавшийся с 1896 г. в том же здании, что и нынче, был переименован в Зоологический институт, а выставочная его коллекция, которую стали называть Зоологический музей Зоологического института РАН, вошла в него на правах одного из подразделений.
Главное здание института расположено на Стрелке Васильевского острова по адресу Университетская наб., д. 1; часть лабораторий занимают помещения на Английском пр., д. 32; есть хранилище в Шувалово.
Зоологический институт РАН — ведущее зоологическое учреждение страны, отнесенное по результативности деятельности научных организаций РАН к первой категории. Основные направления его работ: изучение биоразнообразия, изучение морских, пресноводных и наземных экосистем, разработка научных основ рационального использования фауны и охраны и реконструкции экосистем.
Крупнейший в России и один из крупнейших в мире коллекционный фонд, насчитывает около 60 млн. ед. хр., и служит базой для изучения как отечественной, так и мировой фауны, а также для фундаментальных исследований по систематике, филогении животных, их морфологии, экологии, видообразованию и макроэволюции. В коллекции представлено около 260 тыс. видов животных, т.е. около ¼ известной мировой фауны, десятки тысяч типовых экземпляров.
При институте находится самая большая в России зоологическая библиотека, насчитывающая около 600 тыс. ед. хр., которая входит в состав Библиотеки Академии наук РАН, как одно из подразделений. Институт оснащен необходимым оборудованием для проведения исследований на современном уровне, формирует базы данных по своим коллекциям.
В ЗИНе в разное время работали крупнейшие отечественные биологи: А.П. Андрияшев, Ф.Ф. Брандт, Л.С. Берг, К.М. Бэр, Ю.С. Балашов, Б.Е. Быховский, А.А. Бялыницкий-Бируля, Н.К. Верещагин, Г.Г. Винберг, А.Н. Голиков, Е.Ф. Гурьянова, В.А. Догель, И.С. Даревский, С.А. Зёрнов, Н.В. Насонов, Г.С. Медведев, П.П. Сушкин, А.В. Иванов, И.М. Кержнер, Н.М. Книпович, Г.У. Линдберг, Е.Н. Павловский, О.А. Скарлато, Я.И. Старобогатов, И.И. Шмальгаузен, А.А. Штакельберг, П.В. Ушаков и многие другие.
Возглавляли институт в то время, когда он назывался музеем, академики Ф.Ф. Брандт (в 1831-1879 гг.), А.А. Штраух (в 1879-1893 гг.), Ф.Д. Плеске (в 1893-1896 гг.), В.В. Заленский (в 1897-1906 гг.), Н.В. Насонов (в 1906-1921 гг.), А.А. Бялыницкий-Бируля (в 1921-1929 гг.; до 1927 г. – значился и.о. директора, а музей возглавлял Совет). После переименования музея в институт директорами были академики С.А. Зёрнов (в 1931-1942 гг.), Е.Н. Павловский (в 1942-1962 гг.), Б.Е. Быховский(1962-1974 гг.), О.А. Скарлато (в 1974- 1994 гг.), А.Ф. Алимов (в 1994-2005 гг.) и О.Н. Пугачев (в 2005-2018 гг.).
Основные результаты научной работы сотрудников (на 2018 г.) отражены в 176 фундаментальных томах «Фауны России и сопредельных стран», издающейся с 1911 г. (в 1929-1992 — "Фауна СССР") и 179 томах «Определителей по фауне СССР», издаваемых с 1927 г. (с 1992 г. — "… России и сопредельных стран"), а также в периодических изданиях.
К ним относятся "Ежегодник Зоологического Музея" (1896-1931 гг., вышло 32 т.), «Труды Зоологического института» (с 1932 г. вышло 322 т.), «Исследования фауны морей» (с 1941 г. вышло 84 т.), «Паразитологический сборник» (1930-1993 гг., вышло 37 т.), журнал «Zoosystematica Rossica» (с 1993 г. вышло 26 т.), а также сотни монографий и сборников. К важнейшим достижениям сотрудников института относится учение о природной очаговости трансмиссивных болезней, разработка количественного похода к изучению продукционных процессов в водных экосистемах, теория сетчатой эволюции и др.
В состав института входят 13 лабораторий, Зоологический музей, Беломорская биологическая станция и Биологическая станция «Рыбачий». Действуют два диссертационных совета: совет по паразитологии и энтомологии и совет по зоологии, гидробиологии и биологическим наукам. При ЗИН РАН действуют Герпетологическое общество им. А.М. Никольского, Гидробиологическое, Паразитологическое и Русское энтомологическое общество. Штат (на начало 2018 г.) включает около 400 сотрудников.
За заслуги в развитии биологической науки и подготовке научных кадров в 1982 г. Зоологический институт награжден орденом Трудового Красного Знамени.