Московский государственный объединенный музей-заповедник создан в 2005 году на базе государственного музея-заповедника «Коломенское», основанного в 1923 году. Коломенское – одно из самых древних мест проживания человека на территории современной Москвы.
Археологические памятники, расположенные в его окрестностях, свидетельствуют о пребывании здесь людей каменного века (V–III тыс. до н.э.). В I тыс. до н.э. на берегах Москвы-реки и ее притоков, в районе будущих сел Дьякова и Коломенского, возникают многочисленные неукрепленные поселения («селища») древнего финно-угорского племени.
Древнейший памятник Государева двора в Коломенском – церковь Вознесения Господня – впервые упомянут в 1532 г. По легенде, храм был возведен в честь рождения наследника Василия III – будущего царя Ивана IV Грозного. К XVI в., времени, когда в Коломенском сформировалась парадная великокняжеская резиденция, относятся стоящая рядом с церковью Вознесения Георгиевская колокольня, а также храм Усекновения Честныя Главы Иоанна Предтечи в Дьякове. Наиболее распространенная гипотеза связывает возведение храма с венчанием на царство Ивана IV зимой 1547 г.
Расцвет Коломенского связан с царствованием Алексея Михайловича — оно было его любимой резиденцией. В 1667-1668 годах он построил великолепный деревянный дворец из 260 помещений. Симеон Полоцкий назвал Коломенский дворец «осмым дивом», то есть восьмым чудом света.
При Екатерине II обветшавший дворец разобрали. Новый четырехэтажный дворец построил П.В. Макулов в 1766-1767 годах уже на новом месте — напротив северного фасада церкви Вознесения. Художественная реконструкция Дворца царя Алексея Михайловича открылась в 2010 году в южной части музея-заповедника.
Новая страница в истории усадьбы открылась в ХХ в.: в 1923 г. в Коломенском был основан музей. Инициатором его создания и первым директором стал архитектор и реставратор Петр Дмитриевич Барановский. Он начал собирать коллекцию музея и организовал несколько экспедиций на север страны. Он же создал первые экспозиции, сам принимал в заповеднике гостей и сам проводил экскурсии.
В феврале 2023 года музей заповедник будет праздновать свое Столетие!