В 1947 году спортивное общество «Крылья Советов» воронежского завода п/я 71 (сейчас ВАСО) создало футбольную команду, которая считается предшественницей «Факела». Из-за режима секретности публично её называли командой Сталинского района.
В 1949 году команда стала чемпионом Воронежской области и получила право выступать в чемпионате РСФСР, где через три года заняла второе место и получила право выступать с 1954 года в чемпионате СССР в классе «Б». С 1954 по 1958 годы клуб назывался «Крылья Советов».
В 1960 году клуб (получивший годом ранее название «Труд») завоевал право выступить в высшем дивизионе (классе «А»), но удержаться там не смог, заняв в сезоне 1961 года 15-е место и отправившись обратно во второй по силе союзный футбольный дивизион, где играл в 1962-1969 годах.
В 1970-1978 годах «Труд» выступал в различных зонах второй лиги. Перед сезоном 1977 года команда была передана из ведения профсоюзов в профком Конструкторского Бюро Химической Автоматики (КБХА) и сменила название на «Факел». В 1979 году команда начала сезон в первой лиге первенства СССР.
В 1984 году «Факел» занял первое место в первой союзной лиге и завоевал путёвку в Высшую лигу. В том же году наша команда добилась наивысшего достижения в своей истории в розыгрыше Кубка СССР по футболу, после победы над московским «Спартаком» выйдя в полуфинал турнира. В 1985 году команда играла в числе сильнейших клубов страны, но через год вернулась обратно, в 1988 году выступала во второй лиге, в 1989- 1991 годах – снова в первой лиге.
В 1992 году после распада Советского Союза был реформирован и футбольный чемпионат. В результате «Факел» попал в Высшую лигу созданного чемпионата России. Перед началом и в ходе этого сезона команду покинули практически все ведущие игроки, в итоге обновлённый и сильно омоложенный «Факел» в элите не удержался.
В 1993 году «Факел» выступил неудовлетворительно и в первой лиге, по итогам сезона опустившись ещё ниже. По итогам следующего сезона наша команда завоевала путёвку обратно в первую лигу, уверенно победив в зональном турнире второго дивизиона.
А в 1996 году «Факел» финишировал на третьем месте в первой лиге, давшим право воронежцам подняться в элиту отечественного футбола. Однако закрепиться в Высшей лиге «Факелу» снова не удалось. 1998 год наша команда снова провела в первой лиге, а в 1999 году с новыми силами пошла на штурм больших высот.
По итогам сезона «Факел» занял второе место и вышел в Высшую футбольную лигу страны, где впервые в своей истории сумел задержаться более, чем на один год. В 2000 году наша команда финишировала на 13-м месте в элитной лиге, сохранив прописку в лиге сильнейших клубов России.
В 2001 году с приходом новых людей на руководящие посты в Воронежской области «Факел» лишился прежней поддержки и по итогам сезона покинул Высшую лигу, заняв 15-е место в турнире из 16-и возможных. В начале 2002 года команда по инициативе нового руководства клуба переименовывается в «Воронеж». Болельщики активно выражают протест, и вскоре название меняется на «Факел-Воронеж». Ещё через год команда опускается во второй дивизион.
В сезоне 2011-2012 годов «Факел» дошёл до четвертьфинала Кубка России, обыграв команды ФАЮР (Беслан), «Краснодар» и «Волгарь-Газпром» (Астрахань) и уступив 21 марта 2012 года в четвертьфинальном матче в гостях «Ростову» в серии пенальти (основное и дополнительное время завершилось вничью со счётом 0:0). По итогам переходного сезона 2011-2012 гг. наша команда покинула ФНЛ, заняв предпоследнее, 19- е место.
Сезоны 2012-2013 и 2013-2014 годов «Факел» провёл в зоне «Центр» второго футбольного дивизиона России. Каждый раз наша команда ставила задачу возвращения в ФНЛ, но решить её не могла, занимая второе и третьем места в турнире соответственно.
В сезоне 2014-2015 годов воронежский клуб выиграл первенство зоны «Центр» ПФЛ, досрочно завоевав путёвку в ФНЛ. Наша команда выдала рекордную серию матчей без поражений в первенстве, в 30 играх одержав 25 побед при пяти ничьих и в итоге на 11 очков опередив ближайшего преследователя в таблице турнира.
Сезон 2015-2016 гг. «Факел» провёл в Футбольной национальной лиге, приняв участие в ФОНБЕТ-Первенстве России. Команда заняла шестое место из 20-и возможных, набрав 56 очков в 38 матчах, соотношение забитых и пропущенных мячей – 51-42.
В сезоне 2016-2017 гг. «Факел» снова принял участие в ФОНБЕТ-Первенстве России по футболу среди команд клубов ФНЛ. Команда заняла десятое место из 20-и возможных, набрав 53 очка в 38 матчах, соотношение забитых и пропущенных мячей – 38-40.
Лишившись костяка команды, «Факел» занял последнее место в сезоне 2017-2018 гг. По спортивному принципу «Факел» и ещё четыре команды из «подвала» турнирной таблицы должны были покинуть ФНЛ и опуститься лигой ниже, в ПФЛ.
Однако по разным причинам (отказ от участия в турнире ФНЛ астраханского «Волгаря», победителей зон «Центр» и «Восток», «Арарата» (Москва) и «Сахалина» (Южно-Сахалинск) соответственно, ликвидация выбывшего из РФПЛ в ФНЛ клуба «Тосно» и «возвращение» в элиту выбывшего было в ФНЛ по итогам стыковых матчей махачкалинского «Анжи», занявшего место снявшегося с чемпионата РФПЛ «Амкара» (Пермь) все пять последних команд ФНЛ сезона 2017-2018 гг. сохранили свои места в лиге.
По окончании сезона 2017-2018 гг. главный тренер Павел Гусев, у которого истёк срок действия контракта с «Факелом», покинул наш клуб. Новым наставником команды стал Игорь Пывин, ранее работавший в штабе Гусева. Однако по окончании сезона 2018-2019 гг. клуб снова оказался в зоне вылета, опять сохранив место в лиге не по спортивному принципу.
В следующем Олимп-Первенстве России по футболу среди команд клубов ФНЛ сезона 2019-2020 годов и завершившимся досрочно в связи с пандемией коронавирусной инфекции по итогам 27 туров «Факел» занял 19-е место, имея в активе 19 очков.
Сезон 2020-2021 гг. вернул оптимизм воронежским болельщикам. Под руководством генерального директора «Факела» Романа Асхабадзе клуб первым из всех спортивных организаций региона открыл фан-шоп, который быстро завоевал популярность у публики.
Затем «Факел» открыл первую в области профессиональную Академию, которая получила имя лучшего бомбардира в истории воронежского футбола, Владимира Григорьевича Проскурина. Всего лишь спустя полгода после открытия Российский футбольный союз присвоил ей официальный статус.
В августе 2020 года молодёжная команда «Факел-М» взяла старт в первенстве группы 3 Олимп-Первенства ПФЛ – впервые в истории региона сразу две команды от клуба были представлены на двух этажах профессионального футбола.
Игроки «Факела-М», получив опыт игры на новом уровне, стали привлекаться в работе с первой командой, а футболисты старших возрастов Академии стали пополнять «молодёжку». А в первенстве Олимп-ФНЛ «Факел» занял девятое место, при этом на весеннем отрезке сезона команда стала третьей, обновив несколько клубных рекордов.
А сезон-2021/22 стал успешным за два десятка лет. Спустя 21 год клуб вернулся в высший свет отечественного футбола, заняв второе место в Олимп-Первенстве ФНЛ!